Først og fremmest skal du forstå, at JSON kun er en serialiseringsteknik. I sig selv bør denne serialiseringsmetode sandsynligvis ikke bestemme dit persistensmedium. Ser man på dit spørgsmål på overfladen, ser det ud til, at det, du leder efter, er en typisk relationel lagringsdatabase, hvor du kan bruge SQL til at forespørge mod dine data på en fleksibel måde.
Serialisering/deserialisering af JSON-data til lagring i eller til præsentation efter hentning fra en sådan relationsdatabase er trivielt i stort set ethvert programmeringssprog.
Hvis du nu virkelig har brug for at gemme forskellige uddrag af JSON-dokumenter (eller enhver anden form for dokument), der ikke rigtig har en fast struktur, er det virkelig, når du typisk ville begynde at se på en NoSQL-type løsning såsom MongoDB. Et andet muligt sådant scenarie for at bruge de mere populære NoSQL-databaser er, når du har at gøre med enorme mængder data og skal skalere horisontalt (dvs. dataene er så store, at du skal skalere databasen på tværs af flere servere). Mange NoSQL-systemer gør dette meget nemmere at gøre end traditionelle relationelle DB'er. I et sådant scenarie skal du selvfølgelig evaluere disse værktøjer baseret på den funktionalitet, de giver, så du kan læse, skrive og forespørge data på den mest nyttige måde for dine brugssager.