Jeg har lige fundet en løsning, og den virker perfekt for mig.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Denne forespørgsel vil ikke opdatere updatedAt
Mark. Håber du stadig har brug for dette!