Dette er et ret specifikt spørgsmål, men hvis nogen tilfældigvis falder over et lignende problem, var mit problem, at jeg skrev en fil med alle mine dokumenter som en json for at bruge mongoimport på en fjernserver.
Problemet var, at JSON.stringify() vil konvertere et objectId til en streng. For at rette op på det skrev jeg bare et lille script til at gå gennem alle objekterne i min bruger-array og konvertere alle _id'er tilbage til objectId'er med følgende kommando:
var mongoose = require('mongoose');
user._id = mongoose.Types.ObjectId(users[i]._id);
Kalde derefter Model.create() på min mongoose-model med de opdaterede dokumenter til masseindsættelse og slettede de originale dokumenter