Hvad virkede for mig på Fedora 20:vi er nødt til at oprette temp dir på hver boot, og det håndteres af systemd-tmpfiler. Så opret en fil /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf og læg en linje i den:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Det ser ud til at klare det ved genstarter; hvis du ikke vil genstarte med det samme, kan du udføre det med:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Se man-siderne for systemd-tmp-filer)