Hvis du sorterer faldende, og du ser null værdier i slutningen, ville det være standardadfærden af den slags.
Der er virkelig ikke meget, der kan gøres for at ændre denne adfærd, men en løsning, der vil give dig de resultater, du leder efter, er at lave to forespørgsler i stedet for én:
db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );