Jeg er også stødt på dette problem. Og det var forårsaget af opgradering af mongodb uden at lukke mongo-serveren ned.
Nu hvor du allerede har den nye version af mongodb (fortæl fra mongo shell-versionen). Du kan løse det ved blot at genstarte mongod proces.
For at starte og stoppe mongo-processen, se https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes