Jeg har stået over for lignende problemer, og efter at have undersøgt meget fandt jeg ud af, at det skyldtes en ældre version af mongoose, da tidligere versioner ikke er kompatible med brud på ændringer i MongoDB 3.6 og nyere.
Jeg opgraderede mongoose-versionen én efter én, og jeg fandt ud af, at den fungerer helt fint med mongoose-versionen 4.12.2 eller over ([email protected]).
Du kan opgradere din mongoose-version ved at køre følgende kommando:
npm install [email protected]