Det, jeg har set gjort, og det, jeg bruger i øjeblikket, er indlejrede arrays med node-id'er i hvert dokument.
Så dokumentbruger1 har egenskabsgrupper:[id1,id2]
Og dokumentgruppe1 har egenskabsbrugere:[bruger1]. Dokumentgruppe2 har også egenskabsbrugere:[bruger1].
På denne måde får du et gruppeobjekt og vælger nemt alle relaterede brugere, og det samme for brugeren.
Dette kræver lidt mere arbejde, når du opretter og opdaterer objektet. Når du siger, at 2 objekter er relaterede, skal du opdatere begge objekter.
Der er også et koncept DBReferences i MongoDB, og afhængigt af din driver trækker det refererede objekter automatisk, når et dokument hentes.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef