Du er så tæt på! Husk, at dit yderste "indhold" er et array i sig selv. Så den følgende ændring på 2 tegn virker, brug content.$.assets inde i værdien for $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zoom frem.