Ok, jeg tror, dit problem er, at du bruger AJAX til at downloade filen.
Det er ikke muligt at downloade en fil ved hjælp af AJAX (eller rettere sagt - JS) på en normal måde. Du ved, der er for stort hul til udnyttelser til at tillade det (det tror jeg) - i hvert fald er der ingen sådan mulighed.
Der er dog løsninger. En af dem er at skabe skjult iframe dynamisk på siden og derefter ændre dens placering til dit downloadscript. Så bruger du ikke JS til at downloade, men almindelige browserfunktioner.
En anden måde er beskrevet på denne side:
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
Måske vil det være en hjælp for dig.