Dette er fra hukommelsen og ikke testet. Da du ikke har sagt, hvad fejlen var, gætter jeg på at gøre lignende før med Mysql. Hvis fejlen siger, at du ikke kan opdatere og vælge fra den samme tabel, skal du tilføje et alias til valget. Hvis ikke, synes jeg, du skal bruge en IN, ikke en join.
Ikke testet, men burde virke
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
På en mobil så forhåbentlig formateret ok og parentes i den rigtige rækkefølge osv :)