Ikke sikker på mySQL, men i MSSQL kan du ændre sorteringen i forespørgslen, så hvis du f.eks. har 2 tabeller med forskellig sortering, og du vil slutte dig til dem, eller som i din situation, kan du lave UNION
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Selvfølgelig er SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS kun et eksempel på sortering, du vil "konvertere" til