mysqlimport cmdline-tool understøtter import af csv-filer, og IIRC understøtter kortlægning af forskellige kolonner i csv til forskellige kolonner i din tabel.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Jeg er klar over, at det kun er en cmd-line-indpakning til LOAD DATA INFILE sql-sætningen, som kan bruges i stedet.
Hvis du har brug for at omorganisere dataene, kan du bare importere csv-fladen til en tilsvarende tabel, og derfra skal du indsætte ... vælg fra