Hibernate bruger en primitiv forbindelsespooling mekanisme , som ikke er egnet til produktionsformål (det står endda i logfilen!). Du bør altid brug en forbindelsespoolingmekanisme, det være sig den, der leveres af din container, det være sig en mekanisme, der er bundtet i din applikation (f.eks. c3p0). Undtagelsen du ser er fordi MySQL lukkede en "gammel" forbindelse, som Hibernate stadig bruger. Du kan prøve at tilføje en JDBC URL-indstilling, som "autoReconnect", men det er virkelig ikke en langsigtet løsning.
Ideelt set bør du konfigurere din container til at levere forbindelserne til din applikation gennem JNDI. Dette gøres nemt med en "-ds.xml" fil i JBoss eller med en context.xml til Tomcat.