Du kan bruge @Table(catalog="") at specificere databasen, som de tilhører og så også kan lave relation på tværs af databasen.
i dit tilfælde Wheel maps til DB1, Car til DB2 og MotorCycle til DB3 ved hjælp af katalogattribut.
Jeg har brugt denne løsning med MySQL og MSSQL og fungerer perfekt. eneste begrænsning dette har alle tre DB skal være i samme databaseserver og bruger, som bliver brugt til at få adgang til db, skal have passende tilladelse til alle DB.
Da denne løsning blot tilføjer skemanavn mod tabel i alle forespørgsler.