Det afhænger af, hvilken lagermotor du bruger. MyISAM-tabeller understøtter ikke klyngede indekser, så primære nøgler på MyISAM-tabeller er ikke klyngede. Den primære nøgle på en InnoDB-tabel er imidlertid klynget.
Du bør se MySQL-manualen for yderligere detaljer om fordele og ulemper ved hver lagermotor.
Du skal have en primær nøgle; hvis du ikke selv opretter en, vil MySQL oprette en skjult til dig. Du kan altid bare oprette et AUTO_INCREMENT-felt for den primære nøgle (dette er at foretrække frem for, at MySQL har skjulte felter i din tabel, tror jeg).