MySQL vil ikke lade dig ændre indekseringen af en Auto-Index-kolonne, når den først er oprettet. Hvad jeg gør er at slette Auto-Index kolonnen og derefter tilføje en ny med samme navn, mysql vil indeksere den nyligt genererede kolonne uden huller. Gør kun dette på tabeller, hvor Auto-indekset ikke er relevant for resten af dataene, men blot bruges som reference for opdateringer og sletninger.
For eksempel gjorde jeg netop det for en tabel, der indeholder ordsprog, hvor kolonnen Auto-indeks kun blev brugt, når jeg opdaterede eller slettede et ordsprog, men jeg havde brug for, at Auto-indekset var sekventielt, da ordsprogene trækkes ud via et tilfældigt tal mellem 1 og antallet af ordsprog, at have huller i rækkefølgen kunne have ført til, at det tilfældige tal pegede på et ikke-eksisterende indeks.
HTH