Problemet var ikke, at bordet var korrupt. Når du laver en gruppe efter, opretter mysql en midlertidig tabel. Fordi bordet er så stort, tager det midlertidige bord mere end 10 GB diskplads. Fejlmeddelelsen vises, når disken blev 100 % fuld.
Jeg brugte kommandoen til at kontrollere diskpladsen:
df -h /dev/root
Så i MySQL-konfigurationen (my.ini) ændrede jeg placeringen (tmpdir), hvor de midlertidige tabeller er gemt til en partition med nok ledig diskplads.
nu kører forespørgslen med succes