Hvis nogen andre falder over det samme problem, og for at spare dem 2 timer på at dykke gennem PHP-kilden, fungerer PDO MySQL IPv6-forbindelser, hvis du sætter firkantede parenteser omkring adressen.
Se:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
f.eks.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);