Så jeg endte med at bruge fputcsv til at lægge de data, jeg ændrede i en ny CSV-fil, så brugte jeg kommandoen LOAD DATA INFILE til at lægge data fra den nye csv-fil ind i tabellen. Dette ændrede det fra timeout ved 120 sekunder for 1000 indtastninger til at tage omkring 10 sekunder at lave 10.000 indtastninger. Tak til alle, der har svaret.
