Efter lidt mere søgning fandt jeg følgende link, som tyder på, at det er en MySQL-fejl:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Heldigvis deaktiverer du supports_san_multi_rowcount hjulpet!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Godt nok for mig for nu. Her er en anden interessant ressource, jeg fandt undervejs i forbindelse med postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using