Det ser ud til, at du bruger en ubuffret forespørgsel i MySQL .
Hvis det er tilfældet, bliver du enten nødt til at slå buffering til eller afbryde udførelsen af den tidligere forespørgsel, som ser ud til at hænge?
Noget som $query->close()
EDIT:
Hvis $query er forekomst af StatementInterface , så er der getResource() som returnerer mysqli_stmt og du kan ringe til close()
på den.
EDIT2:(for at inkorporere den endelige opløsning)
Hvis den bruger PDO, kan du få PDOStatement og kald closeCursor()