Når du bruger WHERE betingelse på højre side af en LEFT JOIN (Outer Join), bliver det effektivt en INNER JOIN , fordi WHERE klausul skal matche betingelserne. Det er derfor, du kun får tilfælde, hvor c.active = 1 .
Du skal flytte WHERE betingelse til LEFT JOIN .. ON .. AND .. tilstand:
SELECT
p.id, c.id as category_id
FROM
(SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods
LEFT JOIN
products p ON p.id = prods.id
LEFT JOIN
categories c ON c.id = p.category_id
AND c.active = 1