Det virker for mig med disse indstillinger.
<add name="ProviderName"
type="SubSonic.MySqlInnoDBDataProvider, SubSonic"
connectionStringName="ConnectionString"
generateLazyLoads="true"
generatedNamespace="My.NameSpace"
generateRelatedTablesAsProperties="true"
tableBaseClass="ActiveRecord" />
Subsonic 2.2 og MySql 5.1.30. Du bør også tjekke, om begge tabeller er MyISAM.
Og har du lige oprettet denne fremmednøgle? Så er det sandsynligt, at Subsonic ikke bemærker dine ændringer, fordi MySQL ser ud til at cache Tableschema'et. Se:http://code.google.com/p/subsonicproject /issues/detail?id=87