Nej, mysqli_query ændrer ikke automatisk isolationsniveauet. At forbinde gennem mysqli er på mange måder ligesom at forbinde via mysql cli. I begge tilfælde får du standardisolationsniveauet. Og ligesom cli, kan mysqli ikke gøre nogen antagelser om, hvilke udsagn der kommer gennem forbindelsen.
I hvert fald, hvis du har nogle gode grunde til at være bekymret over isolationsniveauet, synes jeg, du bare skal angive det eksplicit, f.eks.:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
På den måde kan du sikre dig, at du har det isolationsniveau, du ønsker, og du kan kommentere dine årsager i koden.