Jeg tror, du har brug for noget i denne generelle retning. Jeg har gjort det lidt anderledes end dit spørgsmål. I stedet for at få top 10 og derefter fjerne rekorder. Det får de 10 bedste rekorder, som ikke ville blive skjult.
SELECT c.ID, c.fromuserid, c.roomid, c.text, u.nickname
FROM chats c
JOIN user u ON c.fromuserid = u.id
where c.roomid = 3 AND user.banned = 0
AND NOT EXISTS(
SELECT * FROM hide h
WHERE h.hideuser = c.fromuserid
AND orguser = $userid)
ORDER BY c.ID DESC
LIMIT 0,10