Nå, du burde ikke være nødt til at lave en gruppe efter, da du ikke vælger andet end aggregerede felter. Jeg er ingen mysql-ekspert, men dette burde virke:
SELECT count(d.id) as count, sum(d.url_count) as total from domains as d
inner join backlinks as b
on b.domain_id = d.id
Where d.Link_found = 1 and b. is_homepage = 1