Du har ret, du kan ikke kalde dit alias i WHERE eller HAVING klausulerne, men bortset fra det er jeg ikke sikker på, hvad du mener; GROUP BY og HAVING er beregnet til at blive brugt sammen:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200