Jeg havde nøjagtig det samme problem, som du har rapporteret. Min ODBC-forbindelse brugte MySQL ODBC 5.3 Unicode-driveren (/usr/local/lib/libmyodbc5w.so) Selvom jeg kunne oprette forbindelse til iSQL, returnerede faktiske SQL-kommandoer skrald.
Jeg prøvede at ændre min odbc.ini til at bruge ANSI-driveren i stedet (/usr/local/lib/libmyodbc5a.so). Det virkede, og nu kan RODBC oprette forbindelse til min MySQL-database.