Det er hvad skjulte input er til. Tilføj et til dit id:
<input type="hidden" name="id[]" value="<?=$rows['id']?>" />
Du behøver heller ikke at gemme optællingen. Du kan tælle antallet af elementer i et array ved hjælp af count($id) .
Til sidst skal du rense dine input. Læg aldrig brugerindsendte data direkte ind i en forespørgsel. Brug intval for heltal og mysql_real_escape_string for strenge, eller brug forberedte udsagn.