Dette er blot et spørgsmål om at opdatere den tilsvarende kolonne.
Afhængigt af ... hum ... dit humør (?) kan du prøve:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Eller
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Eller
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);