WebSphere MQ persistence er altid et lokalt filsystem til distribuerede platforme. På mainframen er der mulighed for at bruge en DB2-database i en Sysplex med en koblingsfacilitet, men for alt andet er det et filsystem.
Der er heller ingen lokal persistens for WebSphere MQ-klienter. Kun køadministratoren vil fortsætte med beskeder.
I WebSphere-familien har WebSphere Application Servers System Integration Bus evnen til at bruge en database til dens meddelelsesvedholdenhed. SIBus er en JMS-implementering forsynet med WAS til udveksling af meddelelser i WAS-cellen og mellem WAS-instanser.