Jeg kan godt lide at foreslå følgende design (ligesom dit):
Først og fremmest vil vi have tre borde
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Så har du to tabeller til lagring af relationen
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId