Ud fra dit spørgsmål antager jeg, at du kan arbejde perfekt med din database, men denne fejl opstår ofte efter et givent tidspunkt, hvor forbindelsen er oprettet...
Antag at du bruger node-mysql
Kilde:https://github.com/felixge/node-mysql #fejlhåndtering
Din fejl afslutter din forbindelse til databasen :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
Herfra kan du kontrollere forbindelsesstatus og udføre en genforbindelse, hvis det er nødvendigt.
Du kan også prøve at oprette forbindelse manuelt til din mysql-tjeneste og ændre timeout for anmodningen:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 04/13/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/