Jeg tror, det er det, du vil have:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Den bruger en underforespørgsel til at beregne det samlede antal distinkte brugere i tabellen og deler derefter antallet af brugere på hver dag for at få andelen.