Kontroller konfigurationen af de to motorer. Det er muligt, at konfigurationen af din InnoDB-maskine er mere effektiv til dine søgninger end den måde, du har MyISAM opsat på.
En nøglekonfigurationsværdi er innodb_buffer_pool_size, som er hvor InnoDB cacher data (og indekserer, men du har ingen indekser).