Ikke sikker på, hvorfor du vil gøre det sådan her, der er bedre måder, men for at besvare dit spørgsmål gør det sådan:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
og husk også at rydde resultaterne, ellers vil du ikke være i stand til at udføre en anden forespørgsel, men jeg tror ikke, sletning vil returnere et resultat.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
husk også, at hvis en forespørgsel mislykkes, vil resten ikke køre. så for at fejlsøge, prøv at køre hver forespørgsel separat først og sørg for, at det hele fungerer, da det er en delete-sætning sikkerhedskopiere din database, før du kører forespørgslen og gendan efter behov.