Din left join s bringer tabeller ind, der har flere matcher for et givet id. Den hurtige og nemme måde at rette tællinger på er at bruge count(distinct) i stedet for count() :
SELECT l.id, l.naam, beschrijving,
count(distinct c.lijst_id) as aantal_cat, count(distinct wl.lijst_id) as aantal_lijst
FROM lijsten l
LEFT JOIN werknemerlijsten wl ON l.id = wl.lijst_id
LEFT JOIN categorieen c ON l.id = c.lijst_id
GROUP BY l.naam
ORDER BY naam;
En alternativ fremgangsmåde er at aggregere tabellerne før sammenføjningen ved at foretage optællingerne i underforespørgslen.