Alternativ til databasedesign med opregnede kolonner, hvilket fører til dårlige præstationer

I stedet for

PRIMARY KEY (`expressionId`),
UNIQUE KEY `geneId` (`geneId`,`conditionId`),

brug

PRIMARY KEY(`geneId`,`conditionId`),
INDEX (`expressionId`),

Hvis ingen andre tabeller refererer til expressionId , slip med den kolonne og indekset på den.

Hvorfor hjælper dette? Dataene er grupperet med den primære nøgle; du søger data efter geneId , som er starten på PK; derfor kan dataene hentes mere effektivt, især hvis tabellen er meget større end innodb_buffer_pool_size (hvilket burde være omkring 70 % af RAM).