Du har ikke en aggregeringsfunktion, så du skal bruge distinkt og ikke gruppere efter
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
og hvis du kun skal bruge rækkerne med ciffer
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
og for antal rækker
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)