Det er højst sandsynligt, at netværk er slået fra, hvilket betyder, at mysql-serveren kommunikerer med klienter via UNIX-sockets og ikke via TCP/IP. Du kan tjekke det ud at køre mysql-klient og køre "status"-kommandoen. Hvis du ser portnummeret der, så kommunikerer din mysql-server via TCP/IP, ellers vil du se noget som "socket pathname...", få stinavnet og give det til node.js forbindelsesparametre, f.eks.
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Tjek det ud i https://github.com/felixge/node-mysql side (søg efter "socketPathname")
Håber, det er dit problem.