Jeg fandt, at dette skete, da MySQL brugte for meget RAM. Dette spørgsmål og dette indlæg begge hjalp med en måde at teste på og en løsning.
For mig, at tilføje dette til min /etc/mysql/my.cnf fil løste problemet.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Her er hvordan jeg besluttede, hvor meget hukommelse jeg skulle tildele. Start alt undtagen MySQL og tjek, hvor meget hukommelse der er ledig. Indstil din InnoDB-buffer til 10% af dette beløb. For mig var det 12 mio.