Jeg har lige brugt en time på det samme problem; Du lavede sikkert den samme tastefejl som mig.
Problemet for mig var i .yml skema definition. I afsnittet, hvor jeg definerede relationerne mellem mine tabeller, havde jeg denne målentitet:
targetEntity: mlEmailNotif
i stedet for
targetEntity: MlEmailNotif
Så det lille 'm' får doktrinen til at oprette et nyt alias for en ny tabel (php-sammenligningen skelner mellem store og små bogstaver).