Så vidt jeg ved, kan du ikke sende variabler direkte ind i et MySQL-script. Det bedste du kan gøre er at indstille brugervariabler i et wrapper shell-script. Noget som:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Juster til faktisk brug, selvfølgelig.