Svarer igen til mig selv:
Vi endte først med at bruge socketTimeout specificeret for MySQL-driveren, så forbindelsestesten ikke sætter sig fast.
Det ser ud til, at de underliggende TCP-forbindelser endte således, at der ikke er noget svar fra serveren (TCP ACK eller noget).
OPDATERING:Den endelige løsning blev opnået med at give tcpdump til AWS-understøttelse, de fandt ud af en sag inden for AWS-infrastruktur. De rådede os til at åbne udvalget af kortvarige porte i vores EC2-instanss sikkerhedsgruppe. Mere diskussion på AWS-forum .