Du løber ind i timeout-problemer og for mange forbindelser. Prøv at sænke din wait_timeout og måske interactive_timeout.
Jeg ved ikke, om du bruger PDO (anbefales fra alle de indlæg, jeg har set her), men prøv at gøre MySQL-forbindelsen til en vedvarende, så den ikke behøver at blive ved med at åbne nye forbindelser for hver opdatering.