Det viser sig, at problemet ligger i mysql2-perlen. Det gør denne virkelig fantastiske ting ...
Grundlæggende erstatter den en standard wait_timeout-værdi på omkring 25 dage (2147483s) af sig selv som wait_timeout-værdien (sandsynligvis sessionsversionen af wait_timeout), som forbindelsen bruger, og som grundlæggende tilsidesætter den indstilling, vi angiver på serveren.
Ved at indstille en wait_timeout:værdi i config/database.yml virker timeout som den skal. Når forbindelsen afbrydes, får du dog "mysql-serveren er gået væk"-fejl.
Ved at angive en medfølgende genopret forbindelse:sand option i database.yml, hver gang forbindelsen genbruges, nulstilles forbindelsens timer, MEN derefter bruger den GLOBAL wait_timeout indstillingen fra mysql direkte
Håber dette hjælper nogen