Du kan bruge
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 0
for at deaktivere logning og
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 1
for at tænde den igen. Mit personlige forslag er at pakke den stødende forespørgsel med disse i stedet for at indstille den globalt, så du kan spore, om andre forespørgsler også forårsager problemet.
Bemærk, at ældre versioner af MySQL ikke understøtter dette.