Jeg stødte på denne fejl, og det skyldtes en SELinux-benægtelse. /usr/bin/httpd havde ikke tilladelse til at oprette forbindelse til port 3306. Jeg rettede problemet med:
setsebool httpd_can_network_connect_db on
Ser ud til at fungere fantastisk og burde være mere sikkert end blot at deaktivere SELinux. Som Avinash Meetoo påpeger nedenfor, kan du bruge:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db
For at få selinux-ændringen til at fortsætte på tværs af genstarter.