Det viser sig, at Hibernate ikke oprettede join-tabel på grund af læger primær nøgle udvider tilladt størrelse. Det var dog i stand til at oprette Læger bord alene. Så for at løse det var jeg nødt til at begrænse id-størrelsen. Jeg har skiftet læge id som dette:
@Id
@Column(length = 11)
@NotNull
private String pesel;
Og nu kan join-tabellen oprettes af Hibernate.